Năm Quý Hợi (1803), khi vua Gia Long ra Bắc, Nguyễn Du từ Quỳnh Hải đem quân lương đi đón vua Gia Long, đến Phù Dung, trấn Sơn Nam Thượng thì gặp Vua Gia Long, vua phong ngay tri huyện Phù Dung, phủ Khoái Châu, trấn Sơn Nam (nay là huyện Phù Cừ, tỉnh Hưng Yên). Sự kiện này giống như Phi Tử đời Chiến Quốc dâng ngựa cho vua Châu Hiếu Vương mà được chức Phụ Dung, nên Nguyễn Du có danh hiệu là Phi Tử.

Nhờ thời kỳ đi giang hồ, Nguyễn Du đã thông thạo các ngôn ngữ Trung Quốc, nên chỉ mấy tháng sau thăng tri phủ Thường Tín, trấn Sơn Nam Thượng (nay thuộc Hà Nội), ông được đặc cách lên ải Nam Quan tiếp sứ nhà Thanh sang phong sắc cho vua Gia Long.

Năm Ất Sửu (1805), ông được thăng Đông các học sĩ, tước Du Đức hầu và vào nhậm chức ở kinh đô Phú Xuân.

Năm Đinh Mão (1807), ông được cử làm giám khảo kỳ thi Hương ở Hải Dương. Mùa thu năm Mậu Thìn (1808), ông xin về quê nghỉ.

Năm Kỷ Tỵ (1809), ông được bổ chức Cai bạ (hàm Tứ phẩm) ở Quảng Bình.

Năm Quý Dậu (1813), ông được thăng Cần chánh điện học sĩ (chính Tam phẩm) và được cử làm chánh sứ sang nhà Thanh.

Năm 1814, ông đi sứ về, được thăng Lễ bộ hữu Tham tri (tòng Nhị phẩm).

Năm Bính Tý (1816), anh rể Nguyễn Du là Vũ Trinh vì liên quan đến vụ án cha con Tổng trấn Nguyễn Văn Thành nên bị đày vào Quảng Nam.

Năm Canh Thìn (1820), vua Gia Long qua đời, Nguyễn Phúc Đảm nối ngôi, tức vua Minh Mạng. Lúc này Nguyễn Du được cử đi làm chánh sứ sang nhà Thanh báo tang và cầu phong nhưng ông bị bệnh dịch tả chết ngày mồng 10 tháng 8 âm lịch (16 tháng 9 năm Canh Thìn 1820) lúc 54 tuổi.

Năm Giáp Thân (1824), di cốt của ông được cải táng về quê nhà là làng Tiên Điền, Hà Tĩnh.[6]

Đại Nam thực lục chép về Nguyễn Du: Du là người Nghệ An, học rộng giỏi thơ, càng giỏi về Quốc ngữ. Nhưng là người nhút nhát, mỗi khi ra mắt vua thì sợ sệt không hay nói gì.[7] Đại Nam liệt truyện chép: Du là người ngạo nghễ tự phụ, mà bề ngoài tỏ ra kính cẩn, mỗi khi vào yết kiến, sợ hãi như không nói được.[8] Người đời sau, như ý kiến của các ông Trịnh Vân Định, Trần Nho Thìn cho đó là một cách khéo léo để giữ toàn mạng và thăng tiến trong thời loạn, mặc dù trong văn thơ của Nguyễn Du thường đề cao những anh hùng thời loạn, nhưng ông chọn cách sống khác, cống hiến nhưng "ẩn dật" trong chốn quan trường.[9]